在《刺客信条：叛变》中描述了Shay Patrick Cormac由一名低阶刺客叛变为一名圣殿骑士并猎杀导师的故事，玩家们将扮演一名刺客猎人Shay Patrick Cormac，他原本也是一名刺客，后来抛弃了这些伙伴，反而要杀光他们。
1751年，北美，法国与印第安人之间关系紧张，时局相当动荡。Shay Patrick Cormac是一位年轻叛逆的刺客组织成员，然而，一次关于某个任务的争论与该任务的最终惨败，使得他质疑刺客兄弟会的信条。于是，Shay决心要干掉阻碍他的人，这使得他最终成为了一名圣殿骑士。
任务系统和战斗系统
任务系统
分为主线任务和支线任务，主线任务是游戏的剧情章节，在该游戏中会分几段章节流程供玩家完成，每完成一个会自动接受下一个主线任务的目标；支线任务是游戏中的偏支任务，可以进行一些拦截刺客、占领据点等任务，完成后会获得奖励。
战斗系统
游戏与前几作不同，不在是近距离暗杀。在该作中玩家会拥有一把气步枪，可以在远程无声的暗杀敌人。 此外，玩家还会配备手雷和鞭炮等武器进行骚扰攻击。当主角受到威胁时，周围会变成红色，也可以听到附近敌人的声音，刺客会追杀玩家，甚至一招将玩家秒杀。
《刺客信条：叛变》凭借着独有的叛变刺客摧毁刺客兄弟会的剧情，成为了《刺客信条》系列最独特的一步作品。《刺客信条：叛变》从多重方面向玩家们讲述了刺客和圣殿骑士之间的羁绊，而不是以前玩家简单的看做冲突。但是令人失望的是深处故事情节中玩家能做的还不多。《刺客信条：叛变》的金钱升级系统显得没有多大的意义，此外任务也十分的繁琐。除了优秀的故事情节之外，其他似乎都在做着无限的重复。
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